پس از زوال دولت سلجوقی، اتابکان سلغری در فارس قدرت گرفتند و شیراز را پایتخت خود نمودند. مهم‌ترین یادگار اتابکان در شیراز، مسجد جامع اتابکی یا مسجد نو است. یکی از اتفاقات مهم این دوران، یافت شدن مزار حضرت احمد بن موسی (ع) توسط امیرمقرب‌الدین‌مسعود وزیر اتابکان است. شیخ روزبهان بقلی و سعدی شیرازی از مشاهیر شیراز در این دوران هستند. سعدی، شاعر شیرین سخن ایران، سال‌های پایانی عمر خویش را در خانقاهی که خود در روستای سوکان ساخته بود گذراند و پس از مرگ همان‌جا به خاک سپرده شد. شیخ روزبهان نیز در جوار رباطی که در قبرستان باغ نو تأسیس کرده بود دفن شد و امروزه به حوالی مقبره وی محله درب شیخ (روزبهان) می‌گویند. از دیگر یادگارهای دوران اتابکان فارس بقعه آبش‌خاتون، آخرین ملکه سلسله اتابکان است که با تدبیر خود شیراز را از گزند حمله مغول نجات داد. بقایای این بقعه امروز در حوالی فلکه خاتون (میدان دفاع مقدس) قرار دارد. هم‌چنین باغ تخت قراچه (که بعدها باغ تخت قاجار و قلعه کریم‌خانی نام گرفت) و باغ سنقری (که امروزه بخشی از آن به بوستان خلدبرین تبدیل شده است) در زمان اتابکان فارس ایجاد شد.
با روی کار آمدن مغولان در ایران سلسله اتابکان سلغری منقرض گشت، اما شیراز از تخریب جان سالم به در برد. ویران شدن شهرهای ایران و آباد ماندن شیراز باعث شد بسیاری از دانشمندان و هنرمندان کشور به سوی شیراز رهسپار شوند تا در سایه امنیت و سلامت آن بتوانند به حیات علمی و هنری خود ادامه دهند. این عصر که با رونق علم، فلسفه، عرفان، نگارگری، خوشنویسی و ... در شیراز همراه است دوران مکتب شیراز نام دارد که حدود سه قرن به طول انجامید. در همین عصر مورخ بزرگ، وصاف‌الحضره شیرازی ظهور کرد و تاریخ وصاف را نگاشت. مدفن وی در صحرای مصلی بر صفه‌ای واقع است که به باغچه سیافیه شهرت دارد و امروزه در میان پروژه باغ موزه مشاهیر شیراز قرار گرفته است. مسجد بغدادی سومین مسجد تاریخی شیراز در این دوران مسجدی آباد، پررونق و مورد توجه علما و مردم است. هم‌چنین عمارت تخت ضرابی در دامنه کوه چهل مقام در همین ایام توسط قاضی‌القضات یحیی بن اسماعیل ساخته می‌شود. به علاوه، بقعه امامزاده سیدابوطالب در محله بالاکفت نیز به احتمال زیاد یادگاری از همین دوره است.
با ضعیف شدن حکومت مغولان، سلسله آل‌اینجو در فارس به قدرت می‌رسد و بار دیگر شیراز پایتخت می‌شود. آرامگاه دو همشهری کرمانی، خواجوی شاعر و عمادالدین‌محمود وزیر ابواسحاق اینجو در تکیه مشرقی بر فراز کوه خواجو یادگار همین دوران است. در همین عصر است که تاشی‌خاتون مادر ابواسحاق اینجو اقدام به آباد نمودن حرم مطهر شاهچراغ (ع) می‌نماید. گزارش اقدامات خیر این بانو در سفرنامه ابن‌بطوطه، جهانگرد مراکشی، بازتاب یافته است. ابواسحاق اینجو نیز در حیاط مسجد جامع عتیق، دارالمصحف یا خدایخانه را به عنوان محلی جهت کتابت و نگهداری قرآن می‌سازد.
حافظ شیرازی، خود شاهد درگیری آل‌مظفر با آل‌اینجو است. سرانجام، این درگیری‌ها منجر به انقراض آل‌اینجو و روی‌کارآمدن آل‌مظفر می‌شود. شاخص‌ترین آثاری که از روزگار آل‌مظفر در شیراز برجای‌مانده تعدادی مزار مشهور است. خاتون‌قتلغ‌بیگ همسر امیرمبارزالدین‌محمد بر مزار سیده‌خدیجه از نوادگان امام سجاد (ع) بقعه‌ای بنا نمود که به بی‌بی‌دختران مشهور است. بقعه‌های دیگر، آرامگاه شاه‌شجاع و مقبره شاهزاده‌منصور هستند که هر دو از پادشاهان آل‌مظفر بوده‌اند. اما مشهورترین فردی که در این دوران از دنیا رفته و به خاک سپرده شده، شاعر بلندآوازه ایران، حافظ شیرازی است.
منبع: سازمان فرهنگی، اجتماعی و ورزشی شخرداری شیراز