پس از مدتی، تیمور توانست کل ایران را فتح کند و سلسله گورکانیان را بنیان نهد. در دوره گورکانیان به بقعه حضرت علی بن حمزه (ع) توجه بیش‌تری شد و در کنار آن مدرسه دارالصفا تأسیس گردید که اکنون از آن مدرسه به جز کتیبه ابراهیم‌سلطان که در ورودی حرم علی بن حمزه (ع) نصب گردیده، اثر دیگری باقی نمانده است. ابراهیم‌سلطان گورکانی حاکمی هنرمند بود و مصحفی را به خط خود کتابت نمود که به قرآن هفده‌منی معروف گردید و در اتاقک بالای دروازه‌قرآن نگهداری می‌شد. از مشاهیری که در این عصر می‌زیستند و فی‌الحال مقبره آنان در شیراز موجود است می‌توان به این چند نفر اشاره کرد: میرسیدشریف جرجانی دانشمند و متکلم شهیر که اکنون در کوچه دارالشفای محله لب آب مدفون است، شیخ‌بسحاق اطعمه آشپز و شاعر طنزپرداز که در تکیه چهل‌تنان به سپرده شده، و سیدنظام‌الدین‌محمود شاعر و عارف شیرازی که بقعه و دروازه شاه‌داعی‌الله به نام اوست.
در اواخر قرن نهم هجری ترکمانان آق‌قویونلو بر بخشی از ایران و از جمله شیراز تسلط یافتند. در روزگار آنان دو مسجد در منطقه قصرالدشت ساخته شده که به مسجد جامع قصرالدشت و مسجد بردی (رئیس‌احمدی) مشهور است. به علاوه در همین ایام مدرسه منصوریه در محله لب آب توسط امیرصدرالدین‌محمد دشتکی، فیلسوف شهیر، تأسیس گردید.
با روی کار آمدن صفویه، شیراز رونق تازه‌ای یافت. حضور تاجلی‌بیگم همسر شاه‌اسماعیل صفوی در شیراز و دفن وی در بقعه بی‌بی‌دختران باعث توجه مجدد به این بارگاه گردید. احداث دو خیابان چهارباغی در شمال و غرب شیراز که در محل خیابان حافظ و زند امروزین قرار دارند بر آبادانی شیراز افزود. اما شاخص‌ترین بنای دوران صفوی در شیراز که هنوز پابرجاست، مدرسه خان می‌باشد. این مدرسه در زمان الله‌وردی‌خان و امامقلی‌خان، حاکمان فارس، ساخته شده و محل تدریس ملاصدرای شیرازی، بزرگ‌ترین فیلسوف جهان اسلام، بوده است. به جز ساخت مدرسه خان، در دوره صفویه اقدامات دیگری نیز در شیراز رخ داد. مدارس حکیم، مقیمیه و نظامیه (محمودیه) از دوران صفوی باقی مانده‌اند؛ مسجد حاج‌هاشم (امام سجاد (ع) کنونی واقع در خیابان لطفعلی‌خان) در زمان صفوی ساخته شد؛ و نهایتاً امامزاده زنجیری در این دوران تعمیر و مرمت شد. ناگفته نماند که در سال 1079 ه.ق سیل ویرانگری در شیراز جاری شد که به بخش عمده‌ای از شهر آسیب وارد نمود و شیرازیان را به بازسازی خرابی‌های شهر ناچار ساخت.
پس از حمله افغان‌ها و خسارت به شیراز، با روی کار آمدن افشاریه، به استثنای مدرسه هاشمیه و حمام تقی‌خان اقدام آبادگرانه دیگری برای شهر رخ نداد. اتفاق ناگواری که در این زمان برای شیرازیان روی داد، شورش میرزاتقی‌خان حاکم شیراز علیه نادرشاه بود که منجر به حمله نادر به شیراز و ویران شدن بخشی از شهر شد.
منبع : سازمان فرهنگی، اجتماعی و ورزشی شهرداری شیراز